（一）部分地区经济总量偏小
除30个县级市(区)和滇中县(市、区)外，其他地区存在经济总量偏小，经济实力和区域竞争力明显较弱的问题。25个边境县、73个国家级重点扶持县、7个省级重点扶持县的经济总量占全省GDP的比重仅分别为10.6%、30.1%和5.3%。
（二）地区间差距较大
从全省16个州(市)的发展情况看，各州(市)间经济发展的差距悬殊，除昆明市、曲靖市、玉溪市和红河州地区生产总值在1000亿元以上，其他12个州(市)的GDP总量均在1000亿元以下，而且有5个州(市)在500亿元以下，GDP总量最高的昆明市是最低的怒江州的34倍。